منابع موجود در قفسه کتابخانه مطهری شامل 2735 نسخه کتاب میباشد که از این تعداد حدودا 348 نسخه کتاب لاتین و 2378 نسخه کتاب فارسی می باشد.
علاوه براین، تعداد 150 نسخه از کتابهای کتابخانه دراختیار مدیر گروه های اطفال، بیهوشی، اتاق رزیدنتهای اطفال، واحد مدارک پزشکی، واحد آزمایشگاه،
بخشهای کودکان و NICU بوده میباشد که این کتابها پس از ثبت کتاب در دفتر ثبت به واحدهای فوق تحویل داده شده.